Miasto ślepców z jednej strony jest opowieścią o grupie ludzi, nagle zaatakowanych nieznaną chorobą, którzy za wszelką cenę starają się przeżyć i pozostać „człowiekiem”, a z drugiej strony opowiada o naturze ludzkiej w obliczu nowej, niespodziewanej i ekstremalnej sytuacji. Z jednej strony śledzimy losy ludzi, z początku wydawałoby się obcych sobie, ale jednak w jakiś sposób powiązanych ze sobą. Pierwszy chory, który zaraził okulistę, okulista, który zaraził kobietę, kobieta, która zaraziła mężczyznę itd. Wszyscy odnajdują się w szpitalu, gdzie „poznają się” lepiej i tworzą między sobą więź współpracy. Z drugiej strony, wraz z pogarszającą się sytuacją w szpitalu – coraz mniej żywności, brud – obserwujemy, jak ludzie się zmieniają.
Osoby przebywające w szpitalu można podzielić na trzy wyróżniające się grupy: dobrych, obojętnych i złych. Źli w obliczu tak dramatycznej sytuacji są nawet zdolni do przejęcia władzy „dla dobra ogółu”. Dobrzy, mimo początkowej uległości, są w stanie umrzeć dla innych. Imiona, które tak naprawdę odróżniają nas od innych ludzi, w tym miejscu nie mają sensu – tutaj ważne jest, jak zostałeś zapamiętany (np. ubiór – „dziewczyna w ciemnych okularach”), lub kim byłeś (okulista). Wszystko inne traci na wartości, los każdego jest taki sam, każdy widzi biel.
Sytuacja przedstawiona w powieści zmusiła ludzi do wydobycia swojej drugiej natury – w normalnych warunkach człowiek nie jest w stanie zweryfikować swojego człowieczeństwa. Powieść José Saramago jest złożona – w opowiedzianej przez pisarza historii możemy doszukać się drugiego dna.